略显滑稽的是，麦家在原著中着力试图说明容金珍的数学天赋，不惜用大量篇幅描述了容金珍独自“发明”乘法、等差数列求和等运算规律的过程，乃至容金珍的本科毕业论文选题都是建立在π是否为常数假设基础上的《常数π之清晰与模糊的界限》。然而或许受限于作者本身的知识范围，以上仅停留在初等数学界限以内的例子充当“百年难遇的数学天才”的论据显得过于苍白而牵强，反而愈加令读者质疑小说的合理性。电影则显著削弱了这部分的表现，倾向于将“数学天才”作为一个预置的、不言自明的设定，这种处理方式谈不上多么高明，但至少规避了原著可能面临的指摘。

电影与原著的显著差异在于容金珍与“黑密”的结局。原著中，天才容金珍因笔记本丢失而陷入精神失常，始终未能恢复，在精神病院中度过了余生，而他的同事严实反而因为“不够天才”而轻易破译了黑密。容金珍因与生俱来的天赋而成功破译了“紫密”，又同样因与生俱来的天赋而在黑密的破译中作茧自缚，麦家在此处以一种荒诞而悲怆的笔触写道：“容金珍通过自己的灾难——这种神奇又神奇的方式，向他的同仁显示黑密怪诞的奥秘，这是人类破译史上绝无仅有的一笔”，似乎既震撼于这种智力交锋的瑰奇，又痛惜于解密工作对于天才心灵与人格的异化。电影中的容金珍同样一度因丢失笔记本而精神濒临崩溃，然而他恰在此时通过梦境窥见了破译黑密真正的钥匙，又出于对老师希伊斯的保护而对外归功于严实。这种处理固然符合了一般商业片的“置之死地而后生”式叙事，但也使整个故事显得扁平而庸俗，原著尝试突出的悲剧感荡然无存，变为了容金珍个人英雄主义式的独角发挥。同时，由于容金珍的命运与原著走向出现巨大出入，编剧既无力为容金珍改写一个更加合理的归宿，也无法继续沿用原著结局，只好让容金珍在解出黑密后油尽灯枯般死去，陈思诚将之解释为“天才应该死于璀璨”。结合容金珍死前对“国家”的体认，以及陈思诚采访中提及的对“伟大而平凡”的“无名英雄”的崇敬，那么，电影或许试图通过改编呈现一种鞠躬尽瘁的家国情怀。